% ctd_gen.m
% trace les profiles de température et de salinité en fonction de la
% profondeur
clear
ici=pwd;
[file_param_Survey,path_Survey]=uigetfile('../../Survey/*',' Fichier Parametre du Survey ');
path_Survey_file=[path_Survey,'CTD/Data_extraites/asc/'];
d=dir([path_Survey_file,'d*.asc'])
Survey=file_param_Survey(13:18);

st=1;
% recherche du caractere delimiteur utilise 
delimiteur='_';
file=[path_Survey_file,d(st).name];
fichier=file(findstr('stat',file):findstr('_dc',file)-1);
if isempty(findstr('_',fichier));delimiteur='-';end

% boucle sur le fichiers
%figure

for st =1:length(d);
    file=[path_Survey_file,d(st).name];
    ctd=load(file);
    
    fichier=file(findstr('stat',file):findstr('_dc',file)-1);
    Position_du_delimiteur=findstr(delimiteur,fichier);
    Station=fichier(5:Position_du_delimiteur(1)-1);
    Numero_Station=str2num(Station);
    Date=fichier(Position_du_delimiteur(1)+1:Position_du_delimiteur(2)-1);
    profil=fichier(Position_du_delimiteur(2)+1:end);
    Numero_profil=str2num(profil);
    
    % on enlève les bad Flags
    [m,n]=size(ctd);
    if n==13
        ind=find(ctd(:,n)==0);
        ctd=ctd(ind,:);
    elseif n==14
        ctd=[ctd(:,1:3) ctd(:,5:14)];
        n=13;
        ind=find(ctd(:,n)==0);
        ctd=ctd(ind,:);
    elseif n==12
        Flag=0*ones(m,1);
        ctd=[ctd Flag];
        n=13;
    end
    
    % critère en température
    hold on
    grid on
    plot(ctd(:,n-4),-ctd(:,n-7),'r')
end

set(gca,'ylim',[-250 0]);
title('profils de température potentielle juin 2002');
ylabel('profondeur')

hold off
