% Gilles Rougier  Mise à jour Mars 2003
% modifié par julie Gatti pour survey 110603
% fait appel à : 
%   - topo_golts.m
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%
% choix du repertoire de Survey
% et de son fichier de parametres
%

[file_param_Survey,path_Survey]=uigetfile('../../Survey/*',' Fichier Parametre du Survey ');
path_Survey_file=[path_Survey,'CTD/Data_extraites/asc/'];

addpath(path_Survey_file);

%
% Nom du Survey choisi

Survey=file_param_Survey(7:18);

if(Survey=='Survey061201')
	disp(Survey)
	disp(' Pas de profils CTD pendant cette campagne' )
	break
end

fluo=1;
Comment='';
if(Survey=='Survey110602')
	disp(Survey)
	disp(' Pas de fluorescence  pendant cette campagne' )
	Comment=' (pas de fluorescence) ';
	fluo=0;
end
PAR=0;

%
% liste des fichiers a tracer contenus dans path_Survey/CTD/Data_extraites
%

d=dir([path_Survey_file,'d*.asc'])

% chargement de la position des station CTD (fichier ctd_station)
ctd_station=load('Golts_station') ;

st=1;
% recherche du caractere delimiteur utilise 
delimiteur='_';
file=[path_Survey_file,d(st).name];
fichier=file(findstr('stat',file):findstr('_dc',file)-1);
if isempty(findstr('_',fichier));delimiteur='-';end

impression=input(' Voudrez vous imprimer les profils','s');

for st =1:length(d);

    file=[path_Survey_file,d(st).name];
	[p,filename]=fileparts(file);
	ctd=load(file);
	prof_max=ceil(max(ctd(:,6)));
	
	fichier=file(findstr('stat',file):findstr('_dc',file)-1);
	Position_du_delimiteur=findstr(delimiteur,fichier);
	Station=fichier(5:Position_du_delimiteur(1)-1);
	Numero_Station=str2num(Station);
	Date=fichier(Position_du_delimiteur(1)+1:Position_du_delimiteur(2)-1);
    profil=fichier(Position_du_delimiteur(2)+1:end);
    
	% recuperation de l heure dans le fichier header
	f_hdr=fopen([p,'/',filename,'.hdr'],'r');
	while 1
	  tline=fgetl(f_hdr);
	  if tline(1:20)=='* System UpLoad Time',break,end
	  disp(tline)
	end
	fclose(f_hdr);
	Date=tline(24:length(tline));

	% montee ou descente
	sens=' Up '
   if (ctd(1,6)-ctd(length(ctd)))< 0 sens='Down'; end
   
   % pour enlever les bad flags
   indf=find(ctd(:,13)==0); 
   
   figure
   
	subplot(2,3,1)
	hold on
    title(' Temperature Potentielle','fontweight','bold','fontsize',14);
    ylabel('depth')
	plot(ctd(indf,9),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;

	subplot(2,3,2)
	hold on
	title(' Conductivite ','fontweight','bold','fontsize',14);
	plot(ctd(indf,3),ctd(indf,6));
   set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;

	subplot(2,3,4)
	hold on
	title(' Salinite ','fontweight','bold','fontsize',14);
	plot(ctd(indf,7),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;

	subplot(2,3,5)
	hold on
	title(' Densite ','fontweight','bold','fontsize',14);
	plot(ctd(indf,10),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;

	subplot(2,3,3)
	hold on
	set(gca,'visible','off');
	tS=text(.5,1,Survey);
    tc=text(.5,.9,Comment);
   %tf=text(.5,.8,[' file: d',fichier]);
   tf=text(.5,.8,[' file: dstat',Station,'_-',fichier(Position_du_delimiteur(1)+1:Position_du_delimiteur(2)-1),'_-',profil]);
   ts=text(.5,.6,[' Station ',Station,' / ',sens]);
	td=text(.5,.5,Date);
	set(tS,'Fontsize',22,'Fontweight','Bold','horizontalalignment','center');
	set(tc,'horizontalalignment','center');
	set([tf;ts;td],'Fontsize',18,'Fontweight','Bold','horizontalalignment','center');
	
   h=subplot(2,3,6)
   topo_golts
   hold on
   plot(ctd_station(Numero_Station,3),ctd_station(Numero_Station,2),...
		'ok','markersize',16,'markerfacecolor','black');
   set(h,'position',[0.66 0.10 0.30 0.60])
    
   %set(gcf,'PaperPosition',[0.25 0.25 11.193 7.7677],'PaperType','A4','PaperOrientation','Landscape')
   set(gcf,'unit','centimeter','PaperPosition',[0. 0. 29.7 21.],'PaperType','A4','PaperOrientation','Landscape')
   
	if (impression(1:1)=='o'|impression(1:1)=='O') print
	else
	ginput(1);
    end
   
   close
   
   figure
   
   subplot(2,3,1)
	hold on
	title(' Fluorescence','fontweight','bold','fontsize',14);
   ylabel('depth');
   plot(ctd(indf,4),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
   grid on;

	subplot(2,3,2)
	hold on
	title(' Transmission ','fontweight','bold','fontsize',14);
	plot(ctd(indf,5),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;

	subplot(2,3,4)
   if PAR==1
	hold on
	numero_param=13;
	nom_param=' capteur PAR ';
	title(nom_param,'fontweight','bold','fontsize',14);
	plot(ctd(indf,numero_param),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;
	else   
   hold on;
   set(gca,'visible','off');
	end
   
	subplot(2,3,5)
	hold on
	title(' Oxygen (mL/L) ','fontweight','bold','fontsize',14);
	plot(ctd(indf,12),ctd(indf,6));
	set(gca,'ylim',[0 prof_max],'ydir','reverse');
	grid on;

	subplot(2,3,3)
	hold on
	set(gca,'visible','off');
	tS=text(.5,1,Survey);
    tc=text(.5,.9,Comment);
    tf=text(.5,.8,[' file: dStat',Station,'_-',fichier(Position_du_delimiteur(1)+1:Position_du_delimiteur(2)-1),'_-',profil]);
	ts=text(.5,.6,[' Station ',Station,' / ',sens]);
	td=text(.5,.5,Date);
	set(tS,'Fontsize',22,'Fontweight','Bold','horizontalalignment','center');
	set(tc,'horizontalalignment','center');
	set([tf;ts;td],'Fontsize',18,'Fontweight','Bold','horizontalalignment','center');
	
	h=subplot(2,3,6)
	topo_golts
	hold on
	plot(ctd_station(Numero_Station,3),ctd_station(Numero_Station,2),...
		'ok','markersize',16,'markerfacecolor','black');
	set(h,'position',[0.66 0.10 0.30 0.60])

	set(gcf,'unit','centimeter','PaperPosition',[0. 0. 29.7 21.],'PaperType','A4','PaperOrientation','Landscape')

   if (impression(1:1)=='o'|impression(1:1)=='O') print
   else
	ginput(1);
   end
	close

	
end % boucle en st sur les fichiers de données
