%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%% LATEXtools
%  plot_ADCP avec fichier dtInsu ***skaphi.mat
%  adapted to new ADCP (changed in 2015)
%  APetrenko -  mars 2017 - English 19
% adaptation Phybio since 2017
%  First credit 2001 A. Petrenko
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%   VOUS CHOISISSEZ
jj=1	% plot du transect en fonction de la latitude
%jj=2	% plot du transect en fonction de la longitude
%jj=3	% plot du transect en fonction de la distance parcourue
%%%%%%

% skip=5          % every x arrows entered in the inputs of the function
mycolor=[1 0 0];    %red

% cd Z:\ARCHIVE_PC\Phybio\mars16\ADCP_TSG\S_16_045
% dirin_ADCP='Z:\ARCHIVE_PC\Phybio\mars16\ADCP_TSG\S_16_045';
% exemple if fname = 'TPB1605skaphi.mat'
%load([dirin_ADCP,fname]);

%exemple vous prenez le fichier qui vous interesse:
load TPB1605skaphi.mat

lon=ensemble(:,14); % longitude nE x 1
lat=ensemble(:,13); % latitude nE x 1
temps=ensemble(:,11);  % en Jour julian
u=eastCurrentComponent; % composante est du courant  
				 % nE x 60 (60 prof. Ou bins)
v=northCurrentComponent; % composante nord du courant 
u=u/100; % pour avoir la composante en m/s
v=v/100;
amp=speedCurrentComponent/100;  % pour avoir l'amplitude 
angle=dirCurrentComponent;  	 % pour avoir l'angle par rapport au Nord ; tournant 					
                                % dans le sens des aiguilles d'une montre
zz=19:8:571;   % depth of the bins in meters

%%%%%%%%%%%%%%

u1=u; v1=v;   % done for other reasons than Phybio

%figure
if jj==1  % en fonction de la latitude
subplot(211)
pcolor(lat(col_begin:col_end,1),-zz,u1(col_begin:col_end,:)')
%caxis([-0.4 0.4])
caxis([-0.2 0.2])
colorbar
shading flat
xlabel('Latitude')
ylabel('Depth')
title(['PHYBIO 2019'])
axis([43 44 -350 0])

subplot(212)
pcolor(lat(col_begin:col_end,1),-zz,v1(col_begin:col_end,:)')
caxis([-0.2 0.2])
colorbar
shading flat
xlabel('Latitude')
ylabel('Depth')
title(['V from',fname])
axis([43 44 -350 0])

%print([figdir,'FUMSECK_UV_noscale_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')
%%% 
figure
subplot(211)
pcolor(lat(col_begin:col_end,1),-zz,amp(col_begin:col_end,:)')
caxis([0 0.3])
colorbar
shading flat
xlabel('Latitude')
ylabel('Depth')
title(['PHYBIO 2019'])
axis([43 44 -350 0])

subplot(212)
pcolor(lat(col_begin:col_end,1),-zz,angle(col_begin:col_end,:)')
caxis([0 360])
colorbar
shading flat
xlabel('Latitude')
ylabel('Depth')
title(['Angle from',fname])
axis([43 44 -350 0])

%print([figdir,'FUMSECK_amp_ang_z_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')
%print([figdir,'FUMSECK_amp_ang_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')
%%%%%%%%
elseif jj==2   % en fonction de la longitude
   subplot(211)
pcolor(lon(col_begin:col_end,1),-zz,u1(col_begin:col_end,:)')
%caxis([-0.4 0.4])
colorbar
shading flat
xlabel('Longitude')
ylabel('Depth')
title(['PHYBIO 2019'])

subplot(212)
pcolor(lon(col_begin:col_end,1),-zz,v1(col_begin:col_end,:)')
%caxis([-0.4 0.4])
colorbar
shading flat
xlabel('Longitude')
ylabel('Depth')
title(['V from',fname])

%print([figdir,'FUMSECK_UV_noscale_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')
%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%% 
figure
subplot(211)
pcolor(lon(col_begin:col_end,1),-zz,amp(col_begin:col_end,:)')
caxis([0 0.5])
colorbar
shading flat
xlabel('Latitude')
ylabel('Depth')
title(['PHYBIO 2019'])

subplot(212)
pcolor(lon(col_begin:col_end,1),-zz,angle(col_begin:col_end,:)')
caxis([0 360])
colorbar
shading flat
xlabel('Latitude')
ylabel('Depth')
title(['Angle from',fname])

%print([figdir,'FUMSECK_amp_ang_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
elseif jj==3   % en fonction de la distance
dist_vec = m_idist(lon(col_begin:col_end-1),lat(col_begin:col_end-1),lon(col_begin+1:col_end),lat(col_begin+1:col_end))./1000;
dist_vec = cumsum(dist_vec);
dist_vec(end+1)=NaN;

subplot(211)
pcolor(dist_vec,-zz,u1(col_begin:col_end,:)')
%caxis([-0.4 0.4])
colorbar
shading flat
xlabel('Distance (km)')
ylabel('Depth')
title(['MVP ',PL_name,' - U from',fname])

subplot(212)
pcolor(dist_vec,-zz,v1(col_begin:col_end,:)')
%caxis([-0.4 0.4])
colorbar
shading flat
xlabel('Distance (km)')
ylabel('Depth')
title(['V from',fname])

print([figdir,'FUMSECK_UV_noscale_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')
%%% 
figure
subplot(211)
pcolor(dist_vec,-zz,amp(col_begin:col_end,:)')
caxis([0 0.5])
colorbar
shading flat
xlabel('Distance (km)')
ylabel('Depth')
title(['MVP ',PL_name,' - Amp from',fname])

subplot(212)
pcolor(dist_vec,-zz,angle(col_begin:col_end,:)')
caxis([0 360])
colorbar
shading flat
xlabel('Distance (km)')
ylabel('Depth')
title(['Angle from',fname])

print([figdir,'FUMSECK_amp_ang_',PL_name,'.png'],'-dpng','-r500')

end

